JdS2012


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Résumé de communication



Résumé 105 :

HMM with mixture as emission distribution for tiling array data
Bérard, Caroline ; Martin-Magniette, Marie-Laure ; Robin, Stéphane
AgroParisTech / INRA MIA 518

Les puces tiling arrays sont des puces à haute densité permettant l'exploration des génomes à grande échelle. Elles sont impliquées dans l'étude de l'expression des gènes et la détection de nouveaux transcrits grâce aux expériences de transcriptome. Dans l'objectif d'étudier les deux simultanément, nous modélisons la distribution jointe des deux intensités d'hybridation à l'aide d'un modèle de Markov caché qui prend en compte la dépendance spatiale des sondes le long du génome. Plutôt que d'utiliser une distribution paramétrique classique, nous considérons la loi d'émission comme étant un mélange de distributions. Cela permet d'obtenir des distributions plus flexibles qui s'ajustent donc mieux aux données. Cette méthode est illustrée sur un jeu de données réelles de transcriptome issu d'une puce NimbleGen couvrant le génome entier d'Arabidopsis thaliana. De nombreuses régions exprimées sont détectées dans l'intergénique, ce qui suggère clairement de nouveaux gènes.